1) Em situações críticas muitos líderes religiosos acabam contrariando a substância de sua religião e apoiando circunstâncias. Exemplos são as cruzadas, os padres abençoando canhões, no cristianismo e múltiplos exemplos semelhantes. Os que contrariam o seu tempo e o poder dominante são esmagados por ele e por isto são chamados "heróis", estes são sempre minoria e merecem nossa reverência. A maioria, apesar das doutrinas de amor e compaixão, segue a corrente dominante, é só olhar a história. Quantos religiosos contestaram Hitler? No entanto os que morreram por isto hoje são canonizados como foi Padre Kobe. Também no Japão houve quem fosse preso ou morto por isto, são estes os nossos heróis. Budistas ou não.
2) A substância do zen é o budismo, os preceitos não foram jogados fora. São grandes os numeros de monges mortos pelos impérios, três exterminações apenas na China, por serem ameça ao estado militarista e religião estrangeira, em todas as ocasiões o budismo zen ressurgiu das cinzas. É importante ressaltar que a restauração Meiji (1868) e o império japonês, entendeu o budismo (e o zen) como estrangeiro e algo a ser combatido, pacifista que era, veja-se os decretos neste sentido no final do sec 19.
3) Entender que o "zen" apoiou isto ou aquilo é sofisma, o que pode acontecer é pessoas e instituições apoiarem isto ou aquilo, a substância do zen é a doutrina e esta é o budismo, e o budismo diz claramente não matar. O restante é história de homens e seus erros, é como pressupor que a doutrina católica endossa a pedofilia, que os sutras apoiem que budistas se envolvam na política e no poder temporal , que a doutrina aceite que alguns monges renunciantes passem a usar cartões de crédito para contornar o preceito de não usar dinheiro, ou que o islamismo corânico instrua a intolerância com os povos do livro ( ex: judeus). Nada disto muda a doutrina de cada religião, somente mostra como os homens são falhos, e não é por outra razão que precisam dos preceitos e mandamentos, das doutrinas que esquecem a cada passo.
Obs: Baseado no livro "Zen at War" confundindo e misturando o que é nacionalismo japonês, shintoísmo (imperador deus, homens consumíveis se suicidando por ele na guerra) com budismo zen, um pastor evangélico postou um filme no youtube que é um sucesso de público, uma crítica acerba ao zen e ao budismo, crendo que este endossa a violência (!) , talvez entendendo que ele ameaça seu rebanho, assim se cobriu de ridículo ( de "ridere" rir), vale a pena observar aonde leva o sectarismo e a crítica com informação deficiente: